L’amélioration des technologies de séquençage 3e génération permet de délivrer des séquences génomiques de haute qualité pour des espèces cultivées mais non modèles. Cette information génomique est utilisée comme une base primordiale dans les techniques de sélection assistée par marqueurs par l’équipe Trait & Technology. De plus, elle ouvre la porte à la compréhension de processus biologiques régissant des caractères agronomiques d’intérêt. Nous proposons un stage visant à tirer parti de cette multiplicité de données, notamment par le biais d’analyses comparatives intra et inter espèces. L’objectif premier est de pouvoir délivrer une méthodologie et des outils qui permettront d’analyser des processus de synténie entre génomes. Dans le cadre de ces comparaisons, nous offrons également l’opportunité de participer à la mise en place d’une chaîne d’outils dédiées à l’identification de gènes candidats.

Dans un premier temps, vous prendrez possession de votre poste au Centre de Recherche de Chappes. Vous serez amené(e) à vous familiariser avec nos systèmes et son architecture de données. Vous évoluerez ainsi au sein de l’équipe Bioinformatics Discovery dans un environnement multiculturel et sur de multiples thématiques abordées.

Vous participerez à plusieurs développements qui permettront à nos utilisateurs d’être plus performants dans leurs analyses de gènes :

-  Tests d’outils d’analyse de micro et macro-synténie

-  Mise en place d’un outil sous Galaxy pour la visualisation d’alignements de génomes

-  Comparaisons de génomes à l’échelle génique

-  Chaînage de scripts multi-langage

Les outils et approches délivrés pourront être présentés à la communauté d’utilisateurs à l’aide d’illustrations portant sur des cas concrets. Un suivi régulier avec l’ensemble des bioinformaticien(ne)s sera également assuré.

Vous êtes actuellement en master 2 bioinformatique et vous disposez de très bonnes connaissances en génomique. Vous êtes autonome et à l’aise sous environnement Linux. Vous serez amené(e) d’utiliser divers langages de programmation (R, bash, python). Une expérience préalable sous Galaxy et/ou des connaissances en Nextflow ou Snakemake seront appréciées.

La maitrise de l’anglais est indispensable pour pouvoir échanger avec vos différents collègues dans le monde. 

Un restaurant d'entreprise avec participation financière de l'employeur.

Un CSE proposant diverses activités sociales et culturelles.