L’identification de régions génomiques influençant des caractères agronomiques d’intérêt est essentielle en sélection végétale. Cibler des modifications génétiques précises permet d’accélérer le développement de nouvelles variétés, d’améliorer des traits complexes comme le rendement, la qualité, et la résilience (tolérance aux stress biotiques et abiotiques) afin de garantir la sécurité alimentaire, notamment dans le contexte actuel d’un changement climatique accéléré. Les Études d'Association Génomique à l'Échelle du Génome (GWAS en anglais) représentent un outil puissant en sélection végétale. Elles permettent d’identifier des associations statistiques entre des variants génétiques et des caractères d'intérêt, permettant d’orienter les efforts de sélection sur des régions génomiques précises appelées Locus de Trait Quantitatif (QTL en anglais).

Le stage proposé vise à comparer des méthodes de détection de QTL en exploitant des données de génotypage obtenus par séquençage haut débit de lignées de maïs par ailleurs phénotypées pour différents caractères agronomiques.

Il s’agira donc de proposer, tester et comparer des méthodes de détection de QTL capable de traiter des grands jeux de données de génotypage. Il sera également nécessaire d'explorer des solutions de réduction dimensionnelle pour simplifier les analyses. Cela inclut la gestion du déséquilibre de liaison entre les variants.

L'utilisation de variants agrégés et multi-alléliques sera également envisagée.

·       Vous mettrez à jour le pipeline d’analyse de données : du filtre des variants à la réalisation des analyses d’associations de façon automatique

·      Vous réaliserez des analyses GWAS avec différents logiciels et comparer les résultats obtenus dans un rapport clair et argumenté.

·       Vous identifierez, comparerez et utiliserez des outils et modèles capables d'intégrer des variants multi-alléliques dans la détection de QTL.

· Vous êtes étudiant en Master de Bioinformatique/Génétique Quantitative ou similaire ? 

o    Vous avez une bonne compréhension des principes fondamentaux de la génétique formelle et quantitative ? 

o   Vous savez utiliser des commandes shell (Unix/Linux) et de scripts bash pour soumission de calculs sur serveur HPC ? 

o    Vous maitrisez un langage de programmation, de préférence python et/ou R ? 

Alors ce stage va vous intéresser! 

o   Si en plus vous avez de bonnes connaissances dans le domaine de l’utilisation de données de séquençage de nouvelle génération en génétique quantitative , 

o   Des capacités à communiquer en Anglais (oral et écrit)

Alors vous êtes le candidat que nous recherchons ! 

o   Le Permis B et un véhicule sont appréciés car le centre de recherche est éloigné des centres urbains.

La faculté à travailler en équipe, à communiquer avec des interlocuteurs variés, la rigueur, l’autonomie et la curiosité sont des qualités indispensables à la réussite du stage.

Stage d'une durée de 6 mois à pourvoir à partir de janvier/février ou mars 2025. 

Le stage est rémunéré 1148 € par mois. 

Nous rejoindre, c'est bénéficier de divers avantages :

- Prime d'intéressement
- Mutuelle familiale
- Plan retraite supplémentaire
- Avantages CE
- Un « équilibre de vie » : accord télétravail pour les postes compatibles jusqu'à 8 jours/mois, restaurant et crèche d'entreprise
- Un parcours d'intégration et des formations régulières.

Nous rejoindre, c'est intégrer une coopérative agricole et un Groupe à dimension internationale offrant des perspectives de carrières en France et dans le monde.

Chez Limagrain, nous agissons pour la diversité & l'inclusion, sources de progrès et de richesse pour l'entreprise.

Vous vous reconnaissez dans ce profil, alors n'attendez plus et rejoignez-nous dès maintenant pour vivre l'Aventure Limagrain !

Une première étape consiste en un examen des candidatures par Tiffany, notre Responsable Acquisition des Talents. (Une préqualification téléphonique peut avoir lieu)

- Un premier entretien est organisé avec le futur manager.

- Un second entretien RH est organisé peu de temps après.

Enfin, un retour est fait aux candidats shortlistés.