Contexte : La détection des variations structurales au sein des génomes, tels que les SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) et les indels (insertions/délétions), revêt une importance capitale dans la sélection variétale moderne. Ces variations génétiques peuvent influencer directement des caractéristiques phénotypiques des plantes cultivées. En identifiant et en comprenant ces variants, les sélectionneurs peuvent accélérer le processus de sélection variétale, en ciblant directement les allèles favorables qui confèrent des traits d’intérêt.

Dans ce contexte, nous avons construit une base de données répertoriant les variations structurales présentent au sein de nos espèces d’intérêt. Nous souhaitons à présent mettre à disposition cette ressource via une interface web « user-friendly ». Le stage s’inscrit dans ce projet et vise à développer différents modules d’interrogation des fichiers VCF (Variant Call Format) permettant de répondre aux besoins de nos utilisateurs.

Vous intégrerez l’équipe Outils Génomiques appartenant à la plateforme Génomique Appliquée composée de bio-informaticiens et généticiens.

Vous serez amené à développer des modules d’interrogation de fichiers VCF qu’il vous faudra intégrer à une interface web.

Pour ce faire, vous  :

Interagissez avec les futurs utilisateurs afin comprendre leurs besoins et identifier des solutions adaptées.
Identifiez les outils et les commandes associés pour l’interrogation des VCF.
Implémentez ces outils au sein de modules accessibles via l’interface graphique.
Testez et validez les modules développés.
Documentez les codes et les procédures pour faciliter la maintenance et l’évolution des outils.

Vous êtes étudiant(e) en Master 2 Bio-informatique ou domaine connexe ? 
Vous maitrisez les commandes Unix ? 
Vous connaissez un langage de programmation (Python, R, Bash)? 
Connaissance en utilisation d’un cluster de calcul ? 

Alors ce poste va vous intéresser!

Si en plus vous avez des connaissance en analyse de données génomiques, 
des compétences en programmation web, des connaissances sur la structure et le traitement de fichiers VCF , 

Alors vous êtes le candidat que nous recherchons! 

Compétence organisationnelle, autonomie, rigueur et esprit d’initiative.
Capacité à travailler en équipe.
Langue : Français (courant), anglais (scientifique) oral et écrit.

Date de début du stage : Février-Mars 2025

Durée du stage : 6 mois

Lieu : Centre de Recherche de Chappes (CRC) – 15 route d’Ennezat, 63720 Chappes

Nous rejoindre, c'est bénéficier de divers avantages :

- Prime d'intéressement
- Mutuelle familiale
- Plan retraite supplémentaire
- Avantages CE
- Un « équilibre de vie » : accord télétravail pour les postes compatibles jusqu'à 8 jours/mois, restaurant et crèche d'entreprise
- Un parcours d'intégration et des formations régulières.

Nous rejoindre, c'est intégrer une coopérative agricole et un Groupe à dimension internationale offrant des perspectives de carrières en France et dans le monde.

Chez Limagrain, nous agissons pour la diversité & l'inclusion, sources de progrès et de richesse pour l'entreprise.

Vous vous reconnaissez dans ce profil, alors n'attendez plus et rejoignez-nous dès maintenant pour vivre l'Aventure Limagrain !

Une première étape consiste en un examen des candidatures par Tiffany, notre Responsable Acquisition des Talents. (Une préqualification téléphonique peut avoir lieu)

- Un premier entretien est organisé avec le futur manager.

- Un second entretien RH est organisé peu de temps après.

Enfin, un retour est fait aux candidats shortlistés.